药学部下设调剂药房、临床药学室、制剂室、GCP机构办等9个部门。现有药学专业技术人员68人，其中高级职称10人；博士1人，硕士18人。
近年来，药学部在保障药品供应的基础上，重点加强药学专业技术服务提升。目前14人完成临床药师规范化培训,7人获得带教师资资格。2017年获得中华医学会临床药师规范化培训中心资格，现招生专业4个，累计培养学员21名。自2015年开始，药学部先后获批6项省级课题，2项市级课题，发表科研论文近七十篇，其中SCI收录期刊发表论文5篇，“中华”系列期刊发表论文4篇。
药学部2011年成为西安市临床用药质控中心挂靠单位；2015年获得西安市总工会颁发的“西安市劳动竞赛示范岗”；2016年获得陕西省医院品管圈比赛三等奖、全国医院品管圈大赛优秀奖；2018年荣获西安市医疗机构药学品管圈比赛一等奖；2021年获得陕西省药学服务经典案例比赛二等奖。
